异次元人亚波妄想侵占地球，炮制了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的驾驶员北斗星司和护士小姐南夕子。二人竭尽全力救援遇难的人们，但终于精疲力尽倒在瓦砾中……救了他俩的是艾斯·奥特曼。艾斯把自己的生命溶入了二人的体中。北斗和南夕子为了继续与亚波人战斗，参加了地球防卫军TAC，经过顽强地训练，终于战胜了贝劳克恩。艾斯的战斗能力日趋强大，在自身掌握的特殊的光线技能和奥特兄弟的协助下，战胜了超兽和超人艾斯杀手，并会同奥特兄弟在异次元空间同亚波人展开了殊死的决斗。月球人的南夕子返回月球后，艾斯便附在北斗一人身上了。重任在肩，艾斯持之以恒地与超兽、亚波人搏斗。在击败了亚波人最得意的合成超兽后返回了光之国——奥特之星。

大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，平行存在于现实世界中的横浜。幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦，目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦，以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算，期待着未来和他们擦出的火花吧。早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡，第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯，都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时，从未见过的奥特曼出现了，他的名字是「迪迦」！昭和宇宙人和平成奥特曼激突！

科学家创造了两栖超级士兵并引爆了一枚核弹。在余波中，一个怪物来到了日本，使日本毫无防备。人类唯一的希望是一个心中充满死亡的水妖。